El San Fernando CD ya se midió a los equipos catalanes y levantinos en su primera etapa en Segunda B hace 42 años

Los rivales del CD San Fernando en la campaña 79-80 también fueron, curiosamente, seis equipos andaluces (Xerez, Rácing Portuense, Córdoba, Real Jaén, Sevilla Atlético y Linares) y cinco catalanes (Barcelona B, Tarrasa, Lérida, Gerona y San Andrés de Barcelona) junto a tres levantinos (Eldense, Vall de Uxó y Onteniente), dos extremeños (CD Badajoz y Díter Zafra), el Ceuta, Puertollano y la SD Ibiza. 

Ascendieron a Segunda el Linares y el Ceuta. Descendieron a Tercera el San Andrés, Sevilla Atlético, Gerona y Onteniente. 

En aquella temporada 79-80 el San Fernando acabó en una brillantísima octava posición con 40 puntos (57 con el sistema de tres puntos). Logró 17 victorias y 6 empates y cosechó quince derrotas

En el Marqués de Varela se hizo fuerte y sumó 16 triunfos, ya que sólo perdió con el Barcelona Atlético (0-1), que contaba en sus filas con Rojo y Calderé, que luego fueron internacionales, el Calvo Sotelo de Puertollano (2-3) y el Linares (0-1). En casa marcó 35 goles y encajó sólo doce tantos. 

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En el grupo 1 estaban los equipos del Norte como Orense, Pontevedra, Rácing Ferrol, Baracaldo, Bilbao Athlétic, Arenas, Guecho, Sestao, Langreo, Ensidesa, Sporting Atlético, Logroñés, Cultural Leonesa, Zamora y Huesca, junto al Tenerife, Las Palmas Atlético, Atlético Madrileño y el Torrejón. 

Ascendieron el Barakaldo y el Atco Madrileño, un equipazo con Mejías, Julio Prieto, Pedraza, Tomás, Clemente y Pedro Pablo.

El Andorra se enfrentó al San Fernando CD en las temporadas 80-81 y 81-82

En la campaña 80-81, el grupo 2 contó con las incorporaciones del Algeciras y Nástic de Tarragona, que bajaron de Segunda División, junto al Real Mallorca, Mérida Industrial, Cartagena y Andorra, que ascendieron desde Tercera. 

El resto de participantes fueron los otros cuatro andaluces (Córdoba, Real Jaén, Rácing Portuense y Xerez Club Deportivo), tres catalanes (Barcelona Atlético, Lérida y Tarrasa), Calvo Sotelo, Badajoz, Díter Zafra, Eldense, Vall de Uxó y la SD Ibiza. 

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El Mallorca (con el central Paco Bonet, que luego fue jugador del Real Madrid e internacional, en sus filas) ascendió a Segunda como campeón y le acompañó el Córdoba. Hubo sólo tres descensos: Mérida Industrial, Díter Zafra y Eldense.

El CD San Fernando se salvó por los pelos del descenso tras acabar en el puesto 17, con 31 puntos, con un bagaje de 10 victorias, 11 empates y 17 derrotas. 36 goles a favor y 44 en contra. 

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En el grupo 1 subieron el Celta de Vigo y el Deportivo de la Coruña, que habían bajado la temporada anterior, y descendieron el Pontevedra, Langreo y Arandina. 

En la 81-82 el Barcelona B pasó al grupo 1 y ascendió como campeón

En la temporada 81-82 aterrizaron en el grupo 2 el Granada y la AD Ceuta, descendidos de Segunda Dívisión, además del Reus Deportivo, Lorca Deportiva y Antequerano, que subieron de Tercera. El grupo lo completaban otros cinco andaluces (CD San Fernando, Algeciras, Real Jaén, Rácing Portuense y Xerez Club Deportivo), SD Ibiza, Tarrasa, Nástic de Tarragona, Las Palmas Atlético, Calvo Sotelo, Badajoz, Cartagena, Andorra y Vall de Uxó. 

Ascendieron a Segunda División el Xerez Club Deportivo y el Cartagena y bajaron a Tercera el Tarrasa, Vall de Uxó y Las Palmas Atlético. El CD San Fernando acabó en el puesto duodécimo con 36 puntos (13 victorias, 13 empates y 12 derrotas). 

El Barcelona Atlético, al que habían desplazado al grupo 1 junto al Lérida y Andorra, ascendió a Segunda División como campeón, acompañado por el Palencia.

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La última temporada del CD San Fernando en el formato de dos grupos en Segunda B fue en la campaña 82-83. El grupo 2 lo completaron el Granada CF, Algeciras, Rácing Portuense, Real Jaén, Antequerano, AD Ceuta, Alcalá de Henares, Torrejón, CD Badajoz, Calvo Sotelo, SD Ibiza y Lorca Deportiva junto a siete novedades como el Albacete, Poblense, Parla, Hospitalet, Fuengirola, Alcoyano y Talavera, ya que los tres últimos fueron repescados para cubrir los descensos de la AD Almería, Getafe y Levante desde Segunda a Tercera por impago. 

Ascendieron el Granada y el Algeciras, bajaron el Fuengirola (24 puntos), CD San Fernando (24) y el Torrejón (22). Los isleños sólo ganaron siete partidos, empataron diez y perdieron 21. Marcaron 38 goles y fueron el equipo más goleado con 75

Tras el descenso a Tercera, el San Fernando terminó cayendo en la Regional Preferente por impago, pero en la 83-84 retornó a Tercera con aquel recordado gol de Juan José al Cádiz B en el Carranza.